Karena aktivitas politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang terbatas tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga. Namun, cinta akan Indonesia, yang ditanamkan oleh orangtuanya dan kakeknya, membawanya memilih Akademi Militer Nasional daripada mendaftar di universitas terkemuka di Amerika Serikat, meskipun prestasi sekolahnya yang tinggi.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, berada di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari presiden Indonesia keempat, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, sebuah langkah yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak dapat menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang menyebabkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh dinas intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo unggul sebagai kapten tim sepakbola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Menariknya, selama masa itu, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
